Digestion
Quand prendre des probiotiques : les bons conseils
Valérie Delenne
10/11/2025
Introduction
Présents naturellement dans le système digestif, les probiotiques jouent un rôle fondamental dans le maintien de l’équilibre de la flore intestinale (1). Ces micro-organismes vivants, principalement des bactéries et levures bénéfiques, participent activement à la digestion, à la protection contre les agents pathogènes et au bon fonctionnement du système immunitaire. Lorsque leur concentration devient insuffisante, en raison du stress, d’une alimentation déséquilibrée, d’une antibiothérapie ou d’une pathologie digestive, une supplémentation sous forme de complément alimentaire peut s’avérer utile pour restaurer l’équilibre du microbiote intestinal (2). Mais comment savoir quand il est pertinent de prendre des probiotiques ? À quel moment de la journée sont-ils les plus efficaces ? Et notamment, quelles souches privilégier selon les besoins ?
Tout savoir sur la définition des probiotiques
Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont présents en quantité suffisante, participent activement au maintien d’un bon état de santé général (3). Leur action repose sur des mécanismes variés, notamment la modulation du microbiote intestinal, la régulation de la perméabilité intestinale et l’interaction avec le système de défense immunitaire. En 2001, l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) a d’ailleurs établit une définition des probiotiques lors d’une consultation d’experts internationaux. « Les probiotiques sont des micro-organismes vivants ,qui , lorsqu’ils sont administrés en quantités adéquates, confèrent un bénéfice pour la santé de l’hôte ».
Il existe une grande diversité de souches probiotiques, chacune présentant des propriétés spécifiques. Certaines sont particulièrement efficaces pour soutenir l’équilibre de la flore intestinale, tandis que d’autres peuvent cibler des troubles fonctionnels ou des déséquilibres plus spécifiques.
Les probiotiques contribuent à l’amélioration des fonctions digestives et au renforcement de la défense immunitaire. Leur rôle est d’autant plus important que le système digestif est aujourd’hui reconnu comme un véritable « deuxième cerveau », en raison de son interaction étroite avec le système nerveux .
Par ailleurs, certaines souches pourraient également aider à atténuer les symptômes de l’infection urinaire . Bien que de nombreux aliments fermentés contiennent naturellement des probiotiques, une supplémentation ciblée peut s’avérer nécessaire en cas de déséquilibre du microbiote intestinal.
Relation entre microbiote, flore intestinale et probiotiques
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Un microbiote intestinal équilibré se caractérise par une prédominance de bactéries bénéfiques et une faible présence de germes pathogènes. Toutefois, certains facteurs — tels qu’une pathologie aiguë ou chronique, une antibiothérapie, ou encore un stress prolongé — peuvent perturber cet équilibre qui peut se manifester par des symptômes variés, notamment des ballonnements, un inconfort digestif, ou des troubles plus sévères dans certains cas.
Dans ce contexte, une cure de probiotiques peut contribuer à restaurer l’équilibre du microbiote, améliorer la santé intestinale et favoriser un meilleur bien-être général. Toutefois, la prise de probiotiques sous forme de complément alimentaire doit être envisagée avec discernement.
Il est recommandé de s’appuyer sur les conseils d’un professionnel de santé pour choisir le produit adapté à ses besoins. En effet, bien que les probiotiques soient reconnus pour leurs effets bénéfiques sur la santé intestinale, leur efficacité dépend de plusieurs critères , dont la souche, quantité , qualité …
Pour garantir la sécurité et l’efficacité du produit, il est également essentiel de vérifier sa provenance et sa traçabilité. À ce titre, le Laboratoire NaturAvignon s’engage à proposer des compléments de haute qualité, formulés pour être efficaces et sûrs et propose des conseils adaptés pour un accompagnement vers le maintien et l’amélioration du bien être.
Dans quels cas faut-il prendre un complément de probiotiques ?
Certains signes peuvent indiquer un déséquilibre du microbiote intestinal, justifiant une supplémentation en probiotiques. Ce déséquilibre, ou dysbiose, peut se manifester de différentes manières, notamment :
- Une irritabilité intestinale (type syndrome de l’intestin irritable) ;
- Une baisse de la défense immunitaire ; avec risque accru d’infections
- Des troubles digestifs fréquents, tels que ballonnements, un inconfort digestif, diarrhées ou constipation ;
- Des manifestations cutanées d’origine allergique (eczéma, urticaire) ;
- Une fatigue persistante, notamment lors des changements de saison ;
- Une intolérance au lactose, liée à une altération de certaines souches bactériennes ;
- Une altération de la flore intestinale après une antibiothérapie ;
- La présence de pathologies chroniques du tube digestif, comme la maladie de Crohn ou la rectocolite hémorragique.
Dans ces situations, l’apport de souches probiotiques ciblées peut contribuer à restaurer l’équilibre du microbiote et retrouver bien être et confort digestif.
Quand prendre ses probiotiques et combien de temps dure une cure ?
Pour garantir leur efficacité, les probiotiques doivent être pris à des moments stratégiques de la journée. En effet, ces micro-organismes vivants sont sensibles à l’environnement gastrique, notamment à l’acidité de l’estomac, qui peut altérer leur viabilité avant qu’ils n’atteignent l’intestin. Dans certains cas, les professionnels de santé préconisent une répartition des prises, le matin et le soir.
Probiotiques et estomac
Les probiotiques doivent franchir l’acidité de la barrière gastrique avant de s’implanter dans les intestins. Choisir le bon moment pour les prendre est donc essentiel pour éviter qu’ils ne soient détruits par l’acidité du suc gastrique.
Pour exercer leurs effets bénéfiques, les probiotiques doivent franchir la barrière gastrique de l’estomac caractérisée par une acidité élevée, pour ensuite atteindre l’intestin et s’y implanter. Il est donc essentiel de prendre des précautions et choisir le bon moment de la prise pour limiter leur destruction par le suc gastrique. Privilégier une prise à jeun ou en dehors des repas, lorsque l’acidité gastrique est légèrement réduite ; opter pour des formulations gastro-résistantes ou à libération ciblée, qui protègent les souches jusqu’à leur libération dans l’intestin grêle.
Faut-il prendre ses probiotiques le matin ?
Il est généralement recommandé de prendre les probiotiques le matin à jeun, c’est-à-dire environ 30 minutes avant le petit-déjeuner, avec un verre d’eau. À ce moment de la journée, l’acidité gastrique est physiologiquement plus basse, ce qui favorise la survie des souches jusqu’à leur implantation dans l’intestin.
Cependant, si la prise à jeun n’est pas possible ou mal tolérée, une alternative consiste à les prendre au moins deux heures après un repas, lorsque la vidange gastrique est avancée et que le pH est à nouveau plus favorable.
Probiotique et café font-ils bon ménage ?
ll n’existe pas d’interaction connue entre la consommation de café et la prise de probiotiques. Toutefois, il est recommandé d’éviter de consommer une boisson chaude, comme le café ou le thé, immédiatement après l’ingestion de probiotiques. En effet, la chaleur excessive peut altérer la viabilité des micro-organismes.
Prendre ses probiotiques le soir au coucher : effet immédiat
La prise de probiotiques le soir, juste avant le coucher, peut présenter des avantages physiologiques intéressants. En effet, durant la nuit, l’activité du système digestif ralentit, ce qui favorise l’implantation des souches probiotiques dans l’intestin, en leur offrant un environnement plus stable et moins acide. Pour optimiser cette prise, il est recommandé de respecter un délai d’au moins 2h30 après le dernier repas, afin de réduire l’exposition à l’acidité gastrique postprandiale.
Peut-on avaler des probiotiques après la prise d’antibiotiques ?
La prise de probiotiques doit se faire au minimum 2 heures après avoir avalé des antibiotiques. Ces derniers peuvent en effet altérer leur efficacité, ou même les détruire.
Oui, mais avec précaution. Il est recommandé de prendre les probiotiques au minimum deux heures après la prise d’un antibiotique. En effet, les antibiotiques, bien qu’indispensables pour traiter les infections bactériennes, peuvent également détruire les souches probiotiques ingérées si elles sont administrées trop tôt après. Par ailleurs, une cure de probiotiques après une antibiothérapie peut contribuer à restaurer l’équilibre du microbiote intestinal.
Importance de faire une cure de probiotiques avec les antibiotiques
Les antibiotiques sont essentiels dans le traitement des infections bactériennes. Toutefois, lorsqu’ils sont à large spectre, ils ne se contentent pas d’éliminer les agents pathogènes : ils peuvent également altérer profondément la flore intestinale en détruisant une partie des bactéries bénéfiques. Ce déséquilibre du microbiote intestinal peut entraîner des effets secondaires tels que des troubles digestifs, avec un impact d’autant plus marqué en cas de prise d’antibiotiques de manière prolongée.
Pour limiter ces inconforts, une supplémentation en probiotiques peut être recommandée sur les conseils d’un professionnel de santé.
En complément, il est conseillé d’intégrer des aliments naturellement riches en probiotiques (yaourts fermentés, kéfir, choucroute crue, etc.) dès le début du traitement, et de poursuivre leur consommation pendant plusieurs jours après la fin de la cure. L’apport en prébiotiques (fibres fermentescibles) est également essentiel pour nourrir les bonnes bactéries et favoriser leur implantation.
Enfin, le choix du complément alimentaire probiotique doit être rigoureux : il est recommandé d’opter pour des produits contenant plusieurs souches documentées, avec une concentration suffisante en UFC (unités formant colonies), et une galénique adaptée à la protection des souches.
À ce titre, le Laboratoire NaturAvignon s’engage à proposer des produits sûrs et bien tolérés, formulés pour un accompagnement dans le mieux être.
Différence entre prébiotiques et probiotiques
Bien que souvent associés, les termes prébiotiques et probiotiques désignent deux entités distinctes mais complémentaires dans le maintien de l’équilibre du microbiote intestinal.
- Les probiotiques sont des micro-organismes vivants (bactéries ou levures) qui, lorsqu’ils sont administrés en quantité suffisante, exercent un effet bénéfique sur la santé de l’hôte.
- Les prébiotiques, quant à eux, sont des substrats non digestibles — principalement des fibres alimentaires fermentescibles — qui servent de « nourriture » aux bonnes bactéries présentes dans l’intestin (l’Inuline par exemple présente dans la chicorée, ail, oignon, poireaux et asperges et ce que l’on appelle les FOS présents dans la banane, artichaut, tomate)
Autrement dit, les prébiotiques favorisent la croissance et l’activité des probiotiques déjà présents dans le microbiote ou apportés par supplémentation. Ils agissent comme un engrais naturel, stimulant sélectivement les souches bénéfiques, notamment les bifidobactéries et les lactobacilles.
Quelques aliments riches en probiotiques et prébiotiques
Une alimentation variée et équilibrée constitue une source naturelle précieuse de probiotiques et de prébiotiques. Ces deux catégories de composés agissent en synergie pour soutenir l’équilibre du microbiote intestinal et renforcer la santé digestive et immunitaire.
Les probiotiques sont présents dans de nombreux aliments fermentés, issus de traditions culinaires variées. Parmi les plus intéressants :
- Légumes lactofermentés : choucroute , cornichons , divers légumes en rayon bio;
- Kimchi : plat coréen à base de chou fermenté, riche en lactobacilles ;
- Miso : pâte de soja fermentée, utilisée dans la cuisine japonaise ;
- Tempeh : produit fermenté à base de soja, riche en protéines et en bonnes bactéries ;
- Kombucha : boisson fermentée à base de thé, contenant des levures et bactéries bénéfiques ;
- Vinaigre de cidre non pasteurisé : source de bactéries acétiques ;
- Levure de bière : riche en nutriments et en micro-organismes vivants (si non inactivée).
Les prébiotiques sont des fibres fermentescibles qui nourrissent les bonnes bactéries du microbiote. On les retrouve dans de nombreux végétaux :
- Artichaut (notamment l’artichaut de Jérusalem) ;
- Ail, oignon, poireau : riches en inuline et fructo-oligosaccharides (FOS) ;
- Banane (surtout peu mûre)
- Asperge, topinambour, salsifis : très riches en fibres prébiotiques ;
- Légumineuses : lentilles, pois chiches, haricots ;
- Céréales complètes : avoine, orge
- Lait de soja et lait de vache : contiennent naturellement des oligosaccharides prébiotiques.
Quelques effets indésirables liés aux probiotiques
Certaines personnes peuvent ressentir des effets indésirables légers après la prise d’un complément alimentaire à base de probiotiques. Un dépassement de la dose recommandée peut provoquer des douleurs abdominales, des ballonnements, voire des diarrhées. Si ces effets secondaires persistent, il faut en informer votre médecin ou le professionnel de santé ayant prescrit la supplémentation en probiotiques.
Les probiotiques sont généralement bien tolérés, cependant, certaines personnes peuvent ressentir des effets indésirables, surtout au début de la supplémentation ou en cas de surdosage. Voici quelques effets courants : ballonnements, flatulences et gazs, douleurs abdominales, transit accéléré et sensation d’inconfort digestif.
Vos questions les plus fréquentes sur quand prendre des probiotiques
Voici les questions les plus fréquemment posées pour savoir quand prendre des probiotiques.
Faut-il prendre des probiotiques le matin ou le soir ?
Les probiotiques peuvent être pris le matin, 30 minutes avant le petit-déjeuner, à jeun ou le soir, environ 2h30 après le dernier repas, juste avant de se coucher. Cela permet d’éviter leur destruction par l’acidité de l’estomac et d’optimiser leur efficacité.
Pourquoi prendre des probiotiques ?
Les probiotiques aident à maintenir ou restaurer l’équilibre de la flore intestinale (microbiote), améliorer la digestion et réduire les troubles intestinaux, renforcer le système immunitaire,contribuer au bien-être général.
Quand faire une cure de probiotiques ?
Les professionnels de santé recommandent généralement de faire une cure de probiotiques une à deux fois par an, au moment des changements de saison, au printemps, à l’automne ; ou après des périodes de stress , de troubles digestifs ou de prise d’antibiotiques.
En même parallèle, il est conseillé d’avoir une alimentation équilibrée riche en pré et probiotiques comme vu précédemment.
Pendant combien de temps peut-on prendre des probiotiques ?
Une cure classique de probiotiques dure entre 1 et 3 mois, mais après une prise d’antibiotiques elle peut durer jusqu’à 3 mois
Peut-on prendre des probiotiques avec des antibiotiques ?
Oui, mais pas en même temps ! Il faut espacer les prises de 2 à 3 heures pour éviter que l’antibiotique ne détruise les probiotiques. Il est aussi recommandé de poursuivre la cure de probiotiques après la fin du traitement antibiotique, pendant quelques semaines pour une bonne restauration de la flore intestinale.
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Conclusion
Les probiotiques jouent un rôle fondamental dans le maintien de la santé globale. En soutenant l’équilibre du microbiote intestinal — souvent surnommé le « deuxième cerveau » — ils participent activement au bon fonctionnement du système digestif, immunitaire et même nerveux. Leur action contribue à renforcer les défenses naturelles, à améliorer la digestion et à favoriser un bien-être durable. Cependant, cet équilibre peut être fragilisé par divers facteurs tels qu’une alimentation déséquilibrée, le stress, une maladie chronique ou une prise d’antibiotiques. Dans ces cas, une supplémentation en probiotiques peut s’avérer bénéfique pour restaurer la flore intestinale. Pour en tirer pleinement profit, il est essentiel de respecter certaines précautions : Choisir le bon moment pour les prendre (à jeun ou éloigné des repas), Adapter la durée de la cure à ses besoins (souvent entre 1 et 3 mois), Et surtout, demander conseil à un professionnel de santé avant de commencer une supplémentation, notamment en cas de pathologie ou de traitement médical en cours. Enfin, n’oublions pas que les prébiotiques et probiotiques peuvent aussi être apportés naturellement par l’alimentation.
« Les informations fournies dans cet article ont pour objectif d’informer et de faciliter la compréhension des bienfaits potentiels des probiotiques lorsqu’ils sont pris sous forme de compléments alimentaires. En aucun cas, elles ne peuvent se substituer aux conseils d’un professionnel de santé, à un traitement médical ou un diagnostic réalisé par un médecin en cas de carences sévères. Par ailleurs, les compléments alimentaires à base de probiotiques ne doivent jamais remplacer une alimentation variée et équilibrée, incluant des aliments riches en probiotiques. Avant de commencer une cure de probiotiques, il est toujours recommandé de consulter un professionnel de santé, en particulier si vous prenez des médicaments ou si vous avez des conditions médicales antérieures. »
Références
1. https://www.anses.fr/fr/system/files/NUT-Ra-Preprobiotiq.pdf
2. https://www.revmed.ch/revue-medicale-suisse/2007/revue-medicale-suisse-129/probiotiques-efficacite-et-dangerosite
3. https://www.biocodexmicrobiotainstitute.com/fr/pro/les-probiotiques-de-quoi-parle-t
Valérie Delenne
Naturopathe
Valérie Delenne, certifiée praticien de santé naturopathe en 2009 auprès de la FENA*, et membre de l’OMNES*, elle suit un cursus en 2011...