Digestion
Quand prendre des probiotiques : les bons conseils
Valérie Delenne
02/07/2026
Introduction
Présents naturellement dans le système digestif, les probiotiques participent au maintien de l’équilibre de la flore intestinale (1). Ces micro-organismes vivants, principalement des bactéries et des levures bénéfiques, accompagnent notamment la digestion, l’équilibre de l’environnement intestinal et le fonctionnement des défenses naturelles. Le stress, une alimentation déséquilibrée, la prise d’antibiotiques ou certains troubles digestifs peuvent perturber l’équilibre du microbiote intestinal. Dans ces situations, une supplémentation sous forme de complément alimentaire peut être envisagée pour soutenir la flore intestinale (2). Mais comment savoir quand il est pertinent de prendre des probiotiques ? À quel moment de la journée les consommer ? Et notamment, quelles souches privilégier selon les besoins ?
Tout savoir sur la définition des probiotiques
Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont présents en quantité suffisante, peuvent apporter un bénéfice à l’organisme (3). Leur action repose sur différents mécanismes, notamment leurs interactions avec le microbiote intestinal, la barrière intestinale et les défenses naturelles.
En 2001, l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) a d’ailleurs établi une définition des probiotiques lors d’une consultation d’experts internationaux : « Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantités adéquates, confèrent un bénéfice pour la santé de l’hôte. »
Il existe une grande diversité de souches probiotiques, chacune présentant des caractéristiques spécifiques. Certaines sont particulièrement étudiées pour leur rôle dans l’équilibre de la flore intestinale, tandis que d’autres sont utilisées pour répondre à des besoins plus ciblés.
Les probiotiques peuvent participer au confort digestif et au fonctionnement normal des défenses naturelles. Leur rôle est d’autant plus intéressant que le système digestif entretient des interactions étroites avec le système nerveux, ce qui lui vaut parfois le surnom de « deuxième cerveau ».
Par ailleurs, certaines souches font l’objet de recherches dans différents domaines liés à l’équilibre des flores de l’organisme. Bien que de nombreux aliments fermentés contiennent naturellement des micro-organismes, une supplémentation ciblée peut parfois être envisagée en cas de déséquilibre du microbiote intestinal.
Relation entre microbiote, flore intestinale et probiotiques
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Un microbiote intestinal équilibré se caractérise par une diversité de micro-organismes vivant en harmonie. Toutefois, certains facteurs, tels qu’un épisode de santé particulier, une antibiothérapie ou encore un stress prolongé, peuvent perturber cet équilibre. Cela peut se manifester par des ballonnements, un inconfort digestif ou des modifications du transit.
Dans ce contexte, une cure de probiotiques peut contribuer à soutenir l’équilibre du microbiote et favoriser le confort intestinal. Toutefois, la prise de probiotiques sous forme de complément alimentaire doit être envisagée avec discernement.
Il est recommandé de s’appuyer sur les conseils d’un professionnel de santé pour choisir le produit adapté à ses besoins. En effet, les effets des probiotiques dépendent de plusieurs critères, dont la souche utilisée, la quantité apportée, la qualité du produit et la situation de chaque personne.
Pour garantir la qualité et la sécurité du produit, il est également essentiel de vérifier sa provenance et sa traçabilité. À ce titre, le Laboratoire NaturAvignon s’engage à proposer des compléments de haute qualité, formulés dans le respect des exigences de sécurité, et propose des conseils adaptés pour un accompagnement vers le maintien et l’amélioration du bien-être.
Dans quelles situations envisager un complément de probiotiques ?
Certains signes du quotidien peuvent être associés à une perturbation de l’équilibre du microbiote intestinal et conduire à s’interroger sur l’intérêt d’une supplémentation en probiotiques. Il peut notamment s’agir de :
- Une sensibilité ou une irritabilité intestinale ;
- Des troubles digestifs fréquents, tels que des ballonnements, un inconfort digestif, des diarrhées occasionnelles ou de la constipation ;
- Des modifications du confort cutané pouvant être liées à différents facteurs ;
- Une fatigue passagère, notamment lors des changements de saison ;
- Une difficulté à digérer certains aliments, comme ceux contenant du lactose ;
- Une altération de la flore intestinale après une antibiothérapie ;
- Des troubles digestifs persistants nécessitant un accompagnement médical.
Dans certaines de ces situations, l’apport de souches probiotiques adaptées peut contribuer au maintien de l’équilibre du microbiote et au confort digestif.
En revanche, en présence d’une maladie chronique du tube digestif, comme la maladie de Crohn ou la rectocolite hémorragique, il est indispensable de demander conseil à un médecin avant de prendre un complément alimentaire. Les probiotiques ne remplacent pas le suivi ni les traitements prescrits par un professionnel de santé.
Quand prendre ses probiotiques et combien de temps dure une cure ?
Le moment de la prise des probiotiques peut varier selon les souches et la formulation du produit. Ces micro-organismes vivants peuvent être sensibles à l’environnement gastrique, notamment à l’acidité de l’estomac, avant d’atteindre l’intestin.
Dans certains cas, les professionnels de santé peuvent conseiller une prise le matin ou le soir. Il est néanmoins important de respecter en priorité les indications mentionnées sur l’emballage du complément alimentaire.
Probiotiques et estomac
Les probiotiques doivent traverser l’estomac avant d’atteindre l’intestin. La résistance des souches à l’acidité gastrique dépend notamment de leur nature et de la forme sous laquelle elles sont proposées.
Pour préserver au mieux les micro-organismes, certains produits sont formulés avec des gélules gastro-résistantes ou des systèmes de libération ciblée. Selon les recommandations du fabricant, la prise peut être conseillée à jeun, avant un repas ou au cours de celui-ci.
Il convient donc de se référer aux instructions propres à chaque complément alimentaire plutôt que d’appliquer une règle unique à tous les probiotiques.
Faut-il prendre ses probiotiques le matin ?
Il est souvent conseillé de prendre les probiotiques le matin, éventuellement avant le petit-déjeuner, avec un verre d’eau. Cette recommandation dépend toutefois de la composition et de la galénique du produit.
Si une prise à jeun est mal tolérée ou n’est pas recommandée sur l’emballage, le complément peut parfois être pris à un autre moment de la journée. La régularité de la prise et le respect des conseils d’utilisation restent essentiels.
Probiotique et café font-ils bon ménage ?
Il n’existe pas d’interaction couramment signalée entre la consommation de café et la prise de probiotiques. Toutefois, il est préférable d’éviter d’avaler directement les probiotiques avec une boisson très chaude, comme le café ou le thé. Une température élevée pourrait altérer certains micro-organismes.
Il est donc conseillé de prendre le complément avec de l’eau à température ambiante et d’attendre quelques instants avant de boire une boisson chaude.
Peut-on prendre ses probiotiques le soir au coucher ?
La prise de probiotiques le soir peut convenir à certaines personnes, notamment lorsqu’elle permet d’intégrer facilement le complément à une routine quotidienne.
Selon les indications du produit, ils peuvent être pris avant le coucher, éventuellement à distance du dernier repas. Il n’est cependant pas possible d’affirmer que la prise du soir est systématiquement plus efficace que celle du matin. Le moment le plus adapté dépend du complément, de la tolérance digestive et des habitudes de chacun.
Peut-on prendre des probiotiques pendant un traitement antibiotique ?
Il est possible de prendre des probiotiques pendant une antibiothérapie, mais certaines précautions doivent être respectées. Il est généralement conseillé d’espacer la prise du probiotique et celle de l’antibiotique d’au moins deux heures.
Les antibiotiques agissent sur les bactéries et peuvent également affecter certaines souches probiotiques lorsqu’elles sont consommées au même moment. Une cure de probiotiques pendant ou après une antibiothérapie peut être envisagée pour accompagner l’équilibre de la flore intestinale, sur les conseils d’un professionnel de santé.
Probiotiques et antibiotiques : quels repères adopter ?
Les antibiotiques sont utilisés dans le traitement des infections bactériennes. Lorsqu’ils sont à large spectre, ils peuvent également modifier temporairement la composition de la flore intestinale en agissant sur certaines bactéries naturellement présentes dans le système digestif.
Cette modification du microbiote peut parfois s’accompagner d’inconforts digestifs, notamment lorsque le traitement se prolonge. Une supplémentation en probiotiques peut alors être envisagée sur les conseils d’un professionnel de santé.
En complément, il est possible d’intégrer à son alimentation des produits fermentés, comme certains yaourts, le kéfir ou la choucroute crue non pasteurisée. Leur consommation peut être poursuivie après la fin du traitement dans le cadre d’une alimentation variée et équilibrée.
L’apport en prébiotiques, notamment grâce aux fibres alimentaires fermentescibles, contribue également à nourrir les bactéries naturellement présentes dans l’intestin.
Le choix du complément alimentaire probiotique doit être effectué avec attention. Il est conseillé d’opter pour des produits dont les souches sont clairement identifiées, présentant une concentration précisée en UFC, ou unités formant colonies, et une galénique adaptée à la conservation des micro-organismes.
À ce titre, le Laboratoire NaturAvignon s’engage à proposer des produits formulés dans le respect des exigences de qualité et de sécurité, afin d’accompagner le bien-être au quotidien.
Différence entre prébiotiques et probiotiques
Bien que souvent associés, les termes prébiotiques et probiotiques désignent deux éléments distincts, mais complémentaires, participant à l’équilibre du microbiote intestinal.
Les probiotiques sont des micro-organismes vivants, comme certaines bactéries ou levures, qui peuvent apporter un bénéfice lorsqu’ils sont consommés en quantité adaptée.
Les prébiotiques, quant à eux, sont des substances non digérées par l’organisme, principalement des fibres alimentaires fermentescibles, qui servent de « nourriture » à certaines bactéries présentes dans l’intestin. L’inuline, par exemple, est présente dans la chicorée, l’ail, l’oignon, le poireau et l’asperge. Les fructo-oligosaccharides, ou FOS, se retrouvent notamment dans la banane, l’artichaut et la tomate.
Autrement dit, les prébiotiques favorisent le développement et l’activité de certaines bactéries bénéfiques déjà présentes dans le microbiote ou apportées par l’alimentation et la supplémentation. Ils agissent comme un engrais naturel, notamment pour les bifidobactéries et les lactobacilles.
Quelques aliments riches en probiotiques et prébiotiques
Une alimentation variée et équilibrée constitue une source naturelle précieuse de probiotiques et de prébiotiques. Ces deux catégories de composés peuvent agir de manière complémentaire pour accompagner l’équilibre du microbiote et le confort digestif.
Les micro-organismes vivants sont présents dans différents aliments fermentés, à condition que ceux-ci n’aient pas été pasteurisés ou chauffés après fermentation. Parmi les plus connus, on retrouve :
- Les légumes lactofermentés : choucroute crue, cornichons et autres légumes fermentés ;
- Le kimchi : plat coréen à base de chou fermenté ;
- Le miso : pâte de soja fermentée utilisée dans la cuisine japonaise ;
- Le tempeh : produit fermenté à base de soja, également riche en protéines ;
- Le kombucha : boisson fermentée à base de thé ;
- Le vinaigre de cidre non pasteurisé ;
- La levure de bière, lorsqu’elle contient encore des micro-organismes vivants.
La quantité et la diversité des micro-organismes présentes dans ces aliments peuvent varier selon leur fabrication et leur conservation.
Les prébiotiques sont des fibres fermentescibles utilisées par certaines bactéries du microbiote. On les retrouve dans de nombreux végétaux :
- Artichaut et topinambour ;
- Ail, oignon et poireau, riches en inuline et en fructo-oligosaccharides ;
- Banane, surtout lorsqu’elle est peu mûre ;
- Asperge et salsifis ;
- Légumineuses : lentilles, pois chiches et haricots ;
- Céréales complètes, notamment l’avoine et l’orge ;
- Certains laits d’origine animale ou végétale, qui peuvent contenir différents oligosaccharides selon leur composition.
Quelques effets indésirables liés aux probiotiques
Les probiotiques sont généralement bien tolérés. Cependant, certaines personnes peuvent ressentir des effets indésirables légers après la prise d’un complément alimentaire, en particulier au début de la cure.
Il peut notamment s’agir de :
- Ballonnements ;
- Flatulences et gaz ;
- Sensation d’inconfort digestif ;
- Douleurs abdominales passagères ;
- Modification temporaire du transit.
Ces manifestations peuvent être liées à l’adaptation du système digestif ou à une dose qui ne convient pas à la personne. Il est donc important de respecter la quantité recommandée sur l’emballage.
Si les effets persistent, deviennent importants ou s’accompagnent d’autres symptômes, il convient d’interrompre la prise et de demander conseil à un médecin, un pharmacien ou au professionnel de santé ayant recommandé le complément.
Les personnes immunodéprimées, gravement malades ou suivant un traitement médical doivent demander un avis médical avant de commencer une cure de probiotiques.
Vos questions les plus fréquentes sur quand prendre des probiotiques
Voici les questions les plus fréquemment posées pour savoir quand prendre des probiotiques.
Faut-il prendre des probiotiques le matin ou le soir ?
Les probiotiques peuvent être pris le matin ou le soir, selon les recommandations propres au produit. Certaines formulations sont conseillées avant le petit-déjeuner, tandis que d’autres peuvent être consommées au cours d’un repas ou à distance de celui-ci.
Le plus important est de respecter les conseils d’utilisation du fabricant et de prendre le complément régulièrement.
Pourquoi prendre des probiotiques ?
Les probiotiques peuvent être utilisés pour accompagner l’équilibre de la flore intestinale et le confort digestif. Selon les souches utilisées, ils peuvent également présenter des propriétés spécifiques.
Leurs effets ne sont toutefois pas identiques d’un produit à l’autre. Ils dépendent de la souche, de la quantité consommée, de la durée de la cure et des besoins de chaque personne.
Quand faire une cure de probiotiques ?
Une cure de probiotiques peut être envisagée à certaines périodes, par exemple lors des changements de saison, après une période de stress, en cas d’inconfort digestif ou pendant et après la prise d’antibiotiques.
Il ne s’agit cependant pas d’une obligation systématique. L’intérêt d’une cure dépend de l’alimentation, du mode de vie, des éventuels symptômes et des recommandations d’un professionnel de santé.
En parallèle, il est conseillé d’adopter une alimentation équilibrée, contenant des fibres et des aliments fermentés lorsque ceux-ci sont bien tolérés.
Pendant combien de temps peut-on prendre des probiotiques ?
La durée d’une cure dépend du produit et de l’objectif recherché. Certaines cures sont proposées pendant quelques semaines, tandis que d’autres peuvent durer entre un et trois mois.
Après une antibiothérapie, la durée peut également varier. Il est recommandé de suivre les indications du fabricant ou les conseils d’un professionnel de santé, plutôt que de prolonger automatiquement la supplémentation.
Peut-on prendre des probiotiques avec des antibiotiques ?
Oui, les probiotiques peuvent être pris pendant un traitement antibiotique, mais il est généralement conseillé de ne pas les prendre exactement au même moment.
Un intervalle d’au moins deux heures entre l’antibiotique et le probiotique est souvent recommandé. Selon les besoins, la cure de probiotiques peut être poursuivie après la fin du traitement afin d’accompagner progressivement le retour à l’équilibre de la flore intestinale.
La prise de probiotiques ne remplace pas le traitement antibiotique prescrit et ne doit pas conduire à modifier ou à interrompre celui-ci sans l’accord du médecin.
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Conclusion
Les probiotiques participent à l’équilibre du microbiote intestinal, parfois surnommé le « deuxième cerveau » en raison de ses nombreuses interactions avec l’organisme. Selon les souches et les situations, ils peuvent notamment accompagner le confort digestif et le fonctionnement normal des défenses naturelles. Cet équilibre peut être fragilisé par différents facteurs, comme une alimentation déséquilibrée, le stress, certaines périodes de la vie ou la prise d’antibiotiques. Dans ces situations, une supplémentation en probiotiques peut être envisagée pour soutenir la flore intestinale. Pour profiter au mieux d’une cure, il est important de respecter quelques précautions : choisir un complément dont les souches sont clairement identifiées, suivre les indications concernant le moment de la prise, respecter la durée et la dose recommandées et demander conseil à un professionnel de santé en cas de doute. Cet avis est particulièrement important en présence d’une maladie chronique, d’un système immunitaire fragilisé ou d’un traitement médical en cours. Enfin, les probiotiques et les prébiotiques peuvent également être apportés par une alimentation variée, riche en fibres et comprenant des aliments fermentés adaptés à la tolérance de chacun. Les compléments alimentaires s’intègrent ainsi dans une démarche globale reposant sur l’alimentation, l’hygiène de vie et l’écoute de son confort digestif.
« Les informations fournies dans cet article ont pour objectif d’informer et de faciliter la compréhension des bienfaits potentiels des probiotiques lorsqu’ils sont pris sous forme de compléments alimentaires. En aucun cas, elles ne peuvent se substituer aux conseils d’un professionnel de santé, à un traitement médical ou un diagnostic réalisé par un médecin en cas de carences sévères. Par ailleurs, les compléments alimentaires à base de probiotiques ne doivent jamais remplacer une alimentation variée et équilibrée, incluant des aliments riches en probiotiques. Avant de commencer une cure de probiotiques, il est toujours recommandé de consulter un professionnel de santé, en particulier si vous prenez des médicaments ou si vous avez des conditions médicales antérieures. »
Références
1. https://www.anses.fr/fr/system/files/NUT-Ra-Preprobiotiq.pdf
2. https://www.revmed.ch/revue-medicale-suisse/2007/revue-medicale-suisse-129/probiotiques-efficacite-et-dangerosite
3. https://www.biocodexmicrobiotainstitute.com/fr/pro/les-probiotiques-de-quoi-parle-t
Valérie Delenne
Naturopathe
Valérie Delenne, certifiée praticien de santé naturopathe en 2009 auprès de la FENA*, et membre de l’OMNES*, elle suit un cursus en 2011...